Revisa si tu enterprise Manager te permite registrarlo de la manera normal (miservidor.mihosting.com), si no lo hace es por que el firewall tiene cerrados esos puertos.
Tambien puedes intentar con herramientas como
MyLittleAdmin, que son basadas en web y te permitirán trabajar mejor de manera remota.
Por cierto...
Cita: No se mucho de MySQL y si puedo o no hacer eso...
No era SQL Server?