No, no no, no, no!!!!!!
No quiten el DOCTYPE!!!!!
Es verdad que algunas cosas funcionan diferente con él... pero no funcionan mal. ¡Funcionan como deben de funcionar! Y no, el DOCTYPE NO GENERA PROBLEMAS, el poblema es nuestra falta de conocimento del HTML, las CSS, y los estándares.
¿Quieres centrar una web a lo ancho y a lo alto usando el DOCTYPE y siguiendo estrictamente las especificiones XHTML y CSS? Aquí está la solución:
http://www.tierradenomadas.com/tw003.phtml
Te aconsejo que lo leas completo.
Según el tipo de web que tengas utilizarás alguno de los métodos de centrado que están ahí. Veras que utilizar CSS da un código mucho más limpio y fácil de mantener.