Hola estarguars:
En ocasiones he intentado darle nuevas dimensiones a una ventana abierta, para redimensionarla, y no se puede (al menos yo no he podido).
Podrías cerrar el popup viejo antes de abrir el segundo.
ventana.close();
ventana = window.open();
...
También puedes redimensionarla con resize (no sé bien la sintaxis)...
Saludos
