Hola, no hay ningún conflicto al tener php y asp(.net) instalados en el IIS, incluso hay la posibilidad de combinar objetos y componentes de ambos a través de Phalanger (
http://www.php-compiler.net/).
Si no quieres tocar para nada el IIS, entonces instala Appserv, Wamp, etc, etc.
Saludos