A ver si te entiendo, ¿quieres tener un video con buena calidad, pero sin comprimir? Si no lo comprimes te va a ocupar una barbaridad. Puedes exportarlo en formato AVI DV, es la mejor calidad posible, pero cada media hora de video te ocupará 6 GB.
De todas formas si no es eso, dime en qué formatos están los videos originales y en qué formatos los quieres.
Yo uso Adobe Premiere Pro, pero con él sólo manejo el formato AVI DV. Guardo mis videos en ese formato y luego los paso a MPG con otro programa (Canopus Procoder o TMPGEnc).
Saludos