bueno segun entiendo tu esquema es de la siguiente forma.
<pre>
/Raiz
|
+- archivo: documento.x
|
+-Direcotrio
|
|
+-- algo.php
include("../????"); que pongo???
</pre>
Bueno con los include puedes usar rutas absolutas o relativas al igual que lo haces con la etiqueta <a></a> para hipervinvulos de html si no estas familiarizado no te preocupes en esta liga se trata el tema:
<a href='ir.asp?http://www.bib.ub.es/ee/Eureka/ew_105.htm' target='_blank'>http://www.bib.ub.es/ee/Eureka/ew_105.ht...</a>
Todo tuyo.
Saludos.