Hola
FuLaNo_
No veo tu formulario, así que voy a jugar un poco a las adivinanzas. Me da la impresión de que tienes puesto el mismo nombre a varios checkbox. Lo que puedes hacer es poner nombres distintos:
<input type="checkbox" name="sistemas1" />
<input type="checkbox" name="sistemas2" />
Y comprobarlo de esta forma:
if (document.consultas.sistema1.checked || document.consultas.sistema2.checked) {
Además hay algo que no me cuadra.
return true;
document.register.submit();
Si haces un return la función termina y no se ejecuta el código que vaya detrás.
Espero que te sirva de orientación. Saludos,