Hola Jopo, espero hayas resuelto el tema.
De todas formas, con respecto a lo que me comentas que te gustaría saber como poner ruta de destino a un swf que no este en el raiz, es mas que sensillo, ahi mismo donde pones el nombre del swf en cuestion, agregale previamente la ruta, por ej "tucarpeta/tucarpeta2/tupeli.swf" y ya esta.
Salutti!!!