No, no te va a dar ningún problema. De hecho, esto deberia ser transparente sea el usuario que sea. El unico problema que puedes tener es en el tema de las politicas, ya que según las politicas que pongas, afectarán o no a estos usuarios en Windows 9x. Date cuenta que los sistemas Windows 9x no son tan "controlables" como los NT o superiores. Si tienes dudas, ya sabes.
Un saludo
Nathan