Cita: he intentado poniendo un script que encontré en cgi pero no lo soporta el servidor de mi empresa por ser linux
mm En principio no tiene nada que ver si es Linux o Windows el S.O. de tu servidor para soportar CGI . .eso sí .. has de verificar que tipo de "CGI" es .. no es lo mismo CGI en "C" que uno en Perl ...
Sobre el tema del buscador en si .. Tanto uno en CGI como uno en PHP van hacer lo mismo en principio con tu tipo de sitio con contenido estático e incrustrado sobre el "HTML" que le dé la presentación en tus páginas. Lo que hacen es "indexar" tus páginas creando eso mismo; un indice con las palabras que más se usan en tus páginas (limpiadas de todo ese "HTML" que adorna al contenido en sí ..) y los links hacia que páginas lo contienen ..
En resumen .. tu sitio puede quedar como está .. sólo instala uno de esos buscadores en PHP que "indexen" tu sitio y listo .. no tienes que tocar nada de tu actual sitio. Eso sí .. migrar tu sitio hacia una aplicación PHP .. con sus Base de datos .. su contenido extructurado y separado de la "presentación" (de ese HTML/CSS.. etc que le dá formato) sería lo ideal para crear buscadores más eficientes si cabe.
Un saludo,