Hola,
Para tener apache e IIS funcionando a la vez debes configurar uno de los dos para que atienda las peticiones en un puerto distinto al de por defecto (80). Eso quiere decir que si por ejemplo dejas el puerto 80 para IIS y configuras el apache para el 8080, si quieres entrar a tus paginas del IIS te bastara teclear
http://localhost/, pero para las de apache
http://localhost:8080/.
Tambien tienes la opcion de instalar PHP en IIS, sin tener que instalar apache.
Y con mysql no tendras ningun problema de conflictos.
Saludos.