Desde Linux puedes acceder a las particiones FAT32, tanto para lectura como para escritura.
En cambio, las particiones NTFS pueden ser accedidas en modo lectura, usando los paquetes de
http://linux-ntfs.sourceforge.net
Hay por ahí un programa que te permite acceder a NTFS en modo lectura-escritura (creo que se llamaba captive), pero al parecer es bastante inseguro; hay reportes de gente que ha masacrado su sistema de archivos por jugar con eso.