En que tipo de formato tenias o tienes el segundo disco duro

?
te recomiendo que tengas los dos discos con el mismo tipo de sistema de archivos, para que al momento de querer leer uno con el otro no te marque los problemas que mencionas; yo tenia el mismo problema y tuve que cambiar el sistema de archivos de NTFS a FAT32y se termino el problema.
por que no intentas entrar con un disco de 3.5 pulgadas con sistema operativo, y checar como esta el segundo disco duro, me imagina que te dara oportunidad de ver la informacion del disco.