Hola
BUeno, como ya te hemos dicho, pásanos un ejemplo para poder revisar el problema.
De todas maneras te diré, esta línea:
Código:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
Es la que le indica al navegador en que lenguaje está hecho el documento que está procesando, así como la versión del lenguaje y las reglas con las que lo ha de procesar. Estos datos son universales y están estandarizados.
Cuando quitas esa línea de la página haces entrar al navegador en un estado llamado «quirk mode» o «modo inestable», en este modo, el navegador tratará de representar la página basado en las etiquetas que encuentrey cuado haya errores, los tratará de alguna manera que tú no puedes controlar, de igual manera el modo inestable de cada navegador es diferente, lo cual es uno de los motivos más comunes de las diferencias entre explorer y el respto de navegadores.
Bueno, quedamos a la espera de algún ejemplo de página para poderte ayudar más.
Felicidad