Su usas bien las classes tipo R&OS o FPDF .. todas disponen de métodos para crear tablas para distribuir tus datos en la página que estás generando PDF .. Es más "laborioso" que hacerlo en HTML con un editor "visual" pero .. con algo más de paciencia puedes hacerlo igualmente.
Con respecto a "conversores HTML->PDF" integramente escritos en PHP .. tienes algunas opciones como por ejemplo:
basada en R&OS
http://www.digitaljunkies.ca/dompdf/about.php
basada en FPDF
http://html2fpdf.sourceforge.net/
Pero parece que no da muy buenos resultados si usas tablas anidadas y cosas complejas HTML ...
Un saludo,