| Lo que tienes que hacer es asignar un nombre diferente a cada ventana, por ejemplo:
<input type=button value="Pagina 1" onClick="window.open('pagina1.htm','nombre_1','width=500,height=350');">
<input type=button value="Pagina 2" onClick="window.open('pagina2.htm','nombre_2','width=500,height=350');"> |