Yo utilizo algo más rudimentario para organizar mis clases en PHP. En general, el código de mis aplicaciones web los estructuro en este árbol de directorios:
/lib/nucleo/
/lib/nucleo/Controlador.class.php
...
/lib/servicios/
/lib/servicios/db/DbConnection.class.php
/lib/servicios/presentacion/PHPTemplate.class.php
...
/lib/modulos/foros/acciones/...
/lib/modulos/foros/vistas/...
...
A mi personalmente me gusta tener una clase por archivo, o por lo menos una clase pública por archivo. Así que defino una constante de la forma:
Código PHP:
define('SOURCE_ROOT', '/var/www/lib/');
Para luego utilizarla para incluir mis clases:
Código PHP:
require(SOURCE_ROOT.'servicios/presentacion/PHPTemplate.class.php');
un saludete,
feliz año amiguetes!