Seguro que te dan muchas respuestas tecnicas, pero yo opino lo siguiente:
No es bueno formatear muchas veces, pero tampoco sucederá nada con 5 veces.
Ademas, cuantas veces son MUCHAS veces ???
Es como un plato:
Es bueno fregarlo muy a menudo?
Claro, cuando está sucio. Pero no se va rayando cada vez que lo fregamos?
No te preocupes por los formateos. Si es necesario, hazlos.
En cuanto a lo de particionar un disco. Eso es un poquito más dificil, aunque muy facil.
Hay programas que hacen casi automaticamente esas particiones, como el Partition Magic, el mismo disco de instalacion de Windows XP, el comando FDISK desde DOS, o el programa original de casa del disco duro.
En fin, si esto te interesa. Haz tu pregunta más concreta, y a mejor en el foro de Windows (creo).