Depende de la versión de Mysql que uses .. puedes usar tablas InnoDB que si que soportan claves foráneas y respetan la "integridad" referencial .. (Mysql 4.0.x en adelante y versiones inferiores sólo previa instalación soporte InnoDB)
GUI's para Msyql que te pueden ayudar .. (para windows)
Navicat (
www.navicat.com)
EMS Mysql Manager (
www.mysqlmanager.com)
Si usas tablas MyISAM no puedes establecer "claves foráneas" para relacionar tus tablas .. así que toda acción tipo "borrado en cascada" de registros lo ha de controlar tu aplicación o tu a mano. Es decir .. tu puedes decir que "tal campo" será tu cláve foránea . .pero Mysql no lo "sabrá".
Puedes leer este artículo sobre el tema:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=27
Un saludo,