Hola,
Dejame adivinar, tus modulos independientes estan en dominio.com/modulos/ y tu pagina principal que carga los modulos esta en dominio.com/ , y tu css esta en dominio.com/css/ . Y el <link> en tus modulos es algo como <link href="../css/estilos.css">
Si es asi, tu problema es que al hacer el include de tu modulo, la url donde esta tu modulo ya no es domino.com/modulos/modulo.php, sino que es dominio.com/index.php
Solucion: en el link al css usa una url absoluta a la raiz del sitio, como /css/estilos.css
Por supuesto, esto es sin ver el codigo, ni la estructura de la web. Cualquier parecido con la realidad es pura coincidencia
Saludos.