Vamos a intentarlo entonces de otra forma... Buscate el HeadAC3he e inténtalo con él. Yo he tenido también algún problema para pasar un WAV a MP2 y lo he tenido que hacer con ese programa
http://www.mundodivx.com/stuff/HeadAC3he-SSE2.zip
Verás que es muy simple de usar. A la izquierda eliges el formato de salida MP2, cargas los archivos, luego das dos veces al menú Options para que se abran las opciones de configuración del MP2, eliges CBR con el bitrate que sea, y poco más...
A mi por lo menos no me deja ponerle una frecuencia de 48000 Hz, sólo me llega a 44100. Hazlo entonces a 44100 Hz y luego con el DVD Lab podrás pasalo a 48000 Hz sin mayor problema.