Puedes probar colocando una instrucción en la etiqueta body que indique que al cargar la página redimensione el flash. Por ejemplo:
<BODY onLoad="document.all['miFlash'].width = '100%'; document.all['miFlash'].height = '100%';>
<embed id=miFlash src="cualquiera.swf" ...>
Pero creo que lo más conveniente es que coloques el Flash dentro de una tabla y le indiques directamente un alto y ancho de 100%:
<TABLE WIDTH="100%" HEIGHT="100%">
<TR WIDTH="100%" HEIGHT="100%">
<TD>
<embed src="cualquiera.swf" quality="medium" bgcolor="#ffffff" width="100%" height="100%" ... >
</TD>
</TD>
</TABLE>