En el caso de Konqueror o Nautilus, sólo es recomendable usarlos si estás en el escritorio respectivo. Por ejemplo: si usas Gnome y quieres cargar Konqueror, el sistema tendrá que cargar las bibliotecas de KDE para hacerlo funcionar, con el respectivo uso de recursos que eso implica.
De todas maneras, aquí va mi recomendación:
Krusader (
http://krusader.sourceforge.net/): el mejor para mi gusto. Funciona sobre KDE. Muy versátil, soporta FTP, SSH y otros protocolos. Es muy bonito y fácil de utilizar. Tiene un look muy similar al Windows Commander de Windows (actualmente llamado Total Commander).
Gnome-commander (
http://www.nongnu.org/gcmd/): funciona con GTK, por lo que se puede usar en Gnome y/o XFCE. No es tan completo pero sí es liviano e intuitivo. También es muy parecido al Windows Commander.
Gentoo (
http://www.obsession.se/gentoo/): no lo he probado mucho, pero parece ser liviano y muy configurable. También está hecho con GTK.
Midnight Commander(
http://www.ibiblio.org/mc/): funciona en consola y es muy probable que ya lo tengas instalado (prueba ejecutando "mc"). Indispensable cuando no se dispone de ambiente gráfico (¿alguien se acuerda del Norton Commander sobre DOS?).
Y recuerda mi consejo: utiliza, en lo posible, programas que ocupen las mismas bibliotecas que usa tu escritorio (qt para KDE, gtk para Gnome o XFCE, etc.). Así tu sistema se recargará menos y andará más rápido
