Puede que al cabo de cierto tiempo de inactividad el sistema pasa a modo de bajo consumo, se apaga el monitor y se desconecta el disco duro... con lo cual el emule ya no puede guardar lo que descargue. Lo que puedes hacer es ir al panel de control al apartado de administración de energía y desactivar el apagado automático al menos del disco duro (el del monitor no te haría falta).
Saludos
