Sí, cada dominio add-on tiene una carpeta dentro de la cuenta principal, con su propio directorio cgi-bin.
Para subir los ficheros vía FTP de ese dominio add-on hay dos posibilidades:
* Entrar vía FTP con un usuario de la cuenta principal, podemos movernos por todas las carpetas de la cuenta.
* Se puede crear una cuenta de FTP cuyo nombre de usuario sea exactamente el nombre de usuario del dominio add-on. Con eso se consigue que ese usuario sólo pueda acceder a la carpeta de ese dominio add-on y a las que dependen de ella, pero no pueda acceder al resto de carpetas de la cuenta.
Es cierto que el manejo de los dominios add-on en cPanel es una especie de 'extensión' del tratamiento que se les da a los subdominios. Pero está todo pensado y resulta muy cómodo para los usuarios. Además, el Panel de Control incorpora textos explicando estas cosillas que comento por aquí. Y con RVskin (tema multilenguaje para cPanel) toda la ayuda está en castellano, es muy fácil para los usuarios...
La limitación importante de los dominios add-on es que comparten el Panel de Control y los recursos de la cuenta principal, están bien para alguien que tiene varios dominios, pero no son recomendables, ni están pensados, para usarlos por diferentes personas, no son el sustituto de una cuenta reseller...