Algunas veces marca error cuando manejas etiquetas de script dentro de una variable para escribir en el cliente.
Pero puedes intentarlo de ésta forma:
Cita: Dim popupScript As String = "<scr" + "ipt language='javascript'>" & "window.open('PopUp.aspx', 'CustomPopUp','width=200, height=200, menubar=yes, resizable=no'); </scr" + "ipt>"
Page.RegisterStartupScript("PopupScript", popupScript)
Lo que hago es separa el código e irlo concatenando.
Prueba y nos cuentas que tal te fue..
Salu2