Hola!
Yo para hacer eso use un programita que se llama "MS Access to MySql", lo que hace es crear un archivo de texto (una "dump file") con las instrucciones SQL para crear la base e insertar los registros. Luego en la ventana de consultas SQL del server copias ese codigo y listo
Tambien tiene una opcion para hacerlo directamente sobre el servidor pero solo si tienes acceso remoto a el.
Es gratuito y lo podes descargar de
http://www.bullzip.com
Saludos y suerte!