Bien, lo puedes hacer así, pero..:
Cuando alguien ponga dominio002.es en el navegador, el DNS le redireccionara a xxx.xxx.xxx.001 (los DNS van por IP, no se puede apuntar a un subdirectorio) y el servidor mostrara el documento por defecto del sitio web.
Puedes poner un documento predeterminado que discrimine cuando el usuario quiere ver un dominio u otro, por ejemplo en asp sería:
<%
var=LCase(Request.ServerVariables("SERVER_NAME"))
if var=
www.dominio001.ces then
Server.Transfer("carpetaDominio1/default.asp")
else
Server.Transfer("carpetaDominio2/default.asp")
end if
%>
O puedes poner en el server las dos IP's y hacer dos sitios web, que cada uno escuche en una.
Un saludo
P.D: Si vas a usar https (SSL) en los dos dominios (con 2 certificados) solo te vale la segunda opción.