¿PQ se altera el orden de las cajas que tenemos hechas en la maqueta, al aplicarla?

[metacortex]

Eso es porque estás trabajando en capas distintas. Prueba yendo al menú Ventana > Mostrar Capas y sube la capa que te interesa superponer (Si es que fue tu voluntad trabajar con las capas), o bien arrastra los elementos a una sola capa y elimina la capa que quede vacía.

Saludos.