Primero que nada, no te mates con el PR (leé esto y enterate por qué:
www.e-maging.biz/e-masters/arts/pr1.htm). Segundo, la única manera de lograr PR alto, es ser enlazado por otras webs de PR alto.
Ahora, decís que tu web ni siquiera aparece en google pero que está enlazada por varias webs indexadas en google. Hace cuanto te enlazan esas webs? Tu sitio rompe alguna de google como para que te hayan podido penalizar? estás seguro que tu web no aparece en google? buscaste por el domino?
Y por lo de los frames, al PR le da igual, el tema es que deberías hacer que te enlacen el index, de otra forma si te enlazan una página llamada por el index sólo a esa página le subrirá el PR y no al index.
Salu2