es un bug de display fantasma de IE, creo que este :
http://www.positioniseverything.net/...haracters.html
codigo mas correcto que ademas resolve tu bug :
<div id="menu">
<h3>Title 1</h3>
<ul>
<li>Section 1</li>
<li>Section 2</li>
<li>Section 3</li>
</ul>
<h3>Title 2</h3>
<ul>
<li>Section 1</li>
<li>Section 2</li>
<li>Section 3</li>
</ul>
</div>