Hola
A mi tambien me paso lo mismo con los formularios, tambien cuando instancias un formulario y lo dejas oculto, inclusive despues de cerrar todas la ventanas queda en el administrador de tareas.
En mi caso no supe como hacer un correcto manejo entra formularios asi que hice lo siguiente:
Código:
e.Cancel = True
Application.Exit()
Asi, en el evento closing() del formulario principal, te aseguras que se cierre el programa y no quede rastro en el Administrador de tareas.
A mi me funciono, espero que a ti tambien
Caho