Hola Juanchooo:
De php a javascript es fácil:
<script type="text/javascript">
var miVariable = "<?php echo $miVariable; ?>";
</script>
Y de javascript a php puedes usar formularios, o enlaces "retocados" con paso de variables por URL que se leen como los formularios con método get.
Pero siempre se tendrá que recargar la página.
Saludos