Puedes usar por ejemplo el conversor dbpoweramp para pasarlo a mp3
www.dbpoweramp.com/dmc.htm
Necesitarás además el codec Monkey's Audio (APE) que lo tienes en la pagina de codecs de esa web
http://www.dbpoweramp.com/codec-central.htm
Una vez lo conviertas a MP3, puedes grabarlo a CD directamente, aunque si deseas separar las pistas, puedes intentarlo directamente con el Nero Wave Editor.
Puedes hacer todo a la vez, basta que te descarges el plugin para Monkey's audio de
http://neroplugins.cd-rw.org y lo instales. Así el Nero Wave Editor te dejará abrir el APE. Tiene una opción, no recuerdo dónde, que te detecta pausas y te divide las pistas. Si no, a hacerlo a mano. Cuando acabes, hay otra opción para guardar las pistas por separado en el formato que quieras.
Si lo deseas guardar como MP3, te recomiendo que además del plugin APE te instales también el Lame MP3, ya que el codec MP3 que trae el Nero te deja hacer unas pocas canciones nada más, y el Lame no tiene límite.
Ya cuanto tengas las pistas en formato MP3 separadas, supongo que no tendrás ningún problema para hacer lo que quieras con ellas...
Saludos