estimado amigos gracias a todos por su ayuda en mi problema
encontre una solucion para este
me di cuenta que el problema realmente pasaba por que
la pagina principal la abria con window.\
y despues al ocupar "header" se cerraba el explorer
lo que hice fuen abrir dos veces la pagina osea
<script language="javascript">
window.open('../blank.php','pag','scrollbars=auto');
window.open('principal.php','pag','scrollbars=auto ');
</script>
al hacer esto la pagina principal se abre con la pag "blanck"
y luego se refresca y carga el principal
al hacer esto no medieron mas problemas los "header"
la verdad = no me gusta el metodo que use
si alguien sabe por que pasa esto y reparalo de algun modo mas logico
se lo agradeceria