Hola, en JAVA, la forma mas común de construir el ejecutable para una aplicación, es hacerlo a través de los JAR.
Es decir, empaquetas todas las clases y librerias de tu aplicación dentro de un JAR. Configurándole en su manifest el Main-Class, es decir, le ubicas el nombre de la clase principal de jecución (la que tiene el método main), y listo, el jar será un único archivo que podrás facilmente portar y ejecutar.
Más info en este link:
http://www.javaworld.com/javaworld/j...avatip127.html