Podrías usar:
DBDesigner
http://www.fabforce.net
Ahí puedes crear tu modelo físico .. no recuerdo si genera el SQL correspondiente (creo que sí). Lo que si que hace es "ingenería inversa" .. es decir, de un SQL (para Mysql en función a una conexión a tu BD que haces) dado .. genera el modelo físico con las relaciones y demás (si usastes tablas InnoDB por ejemplo) ..
Un saludo,