En realidad la pregunta debería ir en el foro de JavaScript.
Para poder manejar las ventanas de esa forma deberías utilizar el siguiente método:
Suponiendo que desde la ventana A abriste B, luego en B los botones (o enlaces) deberían utilizar este evento:
onClick="window.parent.opener.location.href='otrap agina.html'" (atención a las comillas simples y dobles)
Un ejemplo: <a href="javascript
:" onClick="window.parent.opener.location.href='pagin aC.html'">Ir a C</a>
Espero que te sea útil.