En las FAQ's de este foro tienes ejemplos .. también a lo largo del foro y en la documentación oficial de PHP:
http://www.php.net/manual/es/features.file-upload.php
Cuando uses la función move_uploaded_file() .. el 2° parámetro de esta indica la ruta y nombre que va a quedar en destino .. así que es ahí donde puedes trabajar el nombre del archivo que quieras que tome en su destino.
Un saludo,