hola kurlax, yo anteriormente tube el mismo problema que tu, y gracias a Cluster pude resolverlo "facilmente" y lo pongo entre comillas, porque efectivamente, tienes que modificar archivo por archivo, lo bueno de esto es que no tienes que modificar los URL directamente, pueder recurrir a un include() con el siguiente codigo
Código PHP:
<?php
ini_set("session.user_trans_sid","0");
ini_set("session.use_cookies","ON");
?>
lo cual hace que se propague el SID por medio del URL sin ningun problema, asi como tambien utiliza las cookies, asi matas dos pajaros de un tiro, pues asi ya no importa si el usuario tiene activadas las cookies o no, pero tienes que incluirlo en cada archivo (o tambien como tu mismo comentas, edita tu php.ini y se hara el cambio a todo el servidor)