Hola:
A ver, yo manejo algunos planes reseller con WHM/cPanel son Linux, pero en esencia supongo se basarán en lo mismo. No es muy técnica pero igual te orienta.
Cuando creas una cuenta en tu plan reseller para un cliente has de indicar el dominio para el que va a ser y queda automaticamente configurado con los parámetros técnicos, los registros y todo eso. Para acceder a la cuenta suele ser
http://nn.nn.nn.nn/~nombredeusuario
Bien entonces lo que tienes es el servidor listo para "ser llamado" por el dominio.
Le dices al cliente que ponga (o los pones tu si lo has registrado tú para él) tus DNS, imaginemos que son ns1.tudominioprincipaldelplanreseller.com ns2.tudominioprincipaldelplanreseller.com
Cuando alguien teclee
www.dominiodelcliente.com irá (gracias a los DNS) a tu servidor y el servidor "detectará" que dominio está "accediendo" (para eso configuraste la cuenta del usuario) y le mostrará la web correspondiente.
Espero haberte aclarado algo.