en lugar de utilizar header y footer en todos los archivos que vas a utilizar... por qué no probás mejor con templates metiendo el contenido dentro de ellos?? así cuando tenes que cambiar el diseño modificas un solo archivo y no todos...
un buen tutorial con el código fuente de WEBS Modulares tenés en:
http://www.zonaphp.com/index.php?mod...id=34&pagina=2
es muy básico pero podés ir enriqueciendo el dinamismo de tu sitio. yo por ejemplo ulilizo clases y un archivo de configuracion para asignar secciones, títulos, links, metatags, el menú, etc..