hola, este script te sirve para cerrar tu ventana principal sin preguntar o sin confirmar
primero coloca esto en head
<script language="JavaScript">
function cerrar() {
var ventana = window.self;
ventana.opener = window.self;
ventana.close();
}
</script>
luego coloca un boton o un link con este llamado.
<a href="javascript
:cerrar()">Cerrar Ventana Principal</a>
espero te sirva