Primero que nada deberías resolver el problema desde Flash de como este trata ese tema particular de abrir tu "explorador" del PC del "cliente" (navegador bajo flash) para obtener el archivo y enviarlo junto con el resto de datos que ya manejas ..
Luego la parte PHP sería cosa de usar alguna classe como:
PHP Mailer
http://phpmailer.sourceforge.net
que te ayudará en el proceso de tomar tu archivo (que ya tendrás en el servidor) y generar tu e-mail con el archivo adjunto.
Un saludo,