Ok, si lo que queres es formatear para volver a instalar, lo más facil que te puedo recomendar es lo siguiente:
Caso1 (Reinstalación):
Podes generar un diskette de inicio de win98 en
http://bootdisk.com/. Con ese diskette generado, podes iniciar directamente con soporte al CD-ROM e intentar reinstalar desde la unidad CD-ROM reconocida.
Caso2 (Respaldar y formatear):
Sacar el disco duro del equipo y conectarlo a otro con win9x, 2000 o XP para respaldar la información. Si haces eso, debes asegurarte bien de como conectarlo o buscarte a alguien que sepa. Luego de eso, podes formatear completamente y volver a instalar. Basate en esta guía
¿Cómo instalar Windows?