Hola fedexx:
Primero hay que calcular cuantos milisegundos hay en 3 horas: 3 x 60 x 60 x 1000 = 10800000 (Lo calculé a ojo, pero se puede calcular con javascript...
Y luego tienes que usar en el body algo así:
<body onload="setInterval('popup()', 10800000)" ... >
Y la función popup con el window.open()
Saludos