Voy a centrarme en la solución aplicando el segundo ejemplo (arrays asociativos):
Código PHP:
foreach ($archivos as $archivo){
...
<input type='checkbox' value='".$archivo[1]."' id='Archivos[]' name='Archivos[".$archivo[0]."]'/>
....
}
Fijate que te comente que para ese caso .. en tu array archivo .. el Indice de esta es tu nombre del archivo y su valor será el dato del tamaño del archivo.
En el script PHP lo lees con el bucle foreach() como te puse en el ejemplo:
Código PHP:
foreach ($_POST['Archivos'] as $archivo => $tamano){
echo "archivo: ".$archivo." => ".$tamano."<br>";
}
En ese "Archivos" array .. sólo tendrás los archivos (y su tamaño) que selecciones en tus checkbox . los que no seleccionas NO pasan a tu script PHP.
Un saludo,