Estas en todo tu derecho de implementar tu MVC como se te antoje claro esta
Pero hacerlo con Struts creeme que te simplifica la vida, si jamas los haz usado entonces no nos des consejos por favor al respecto, verdad?? para hablar hay que sabery probar.
Por otra parte creo que sigues confundido con lo de J2EE, aunk no lo creas si usas Tomcat esta de cualquier forma usando las librerias J2EE necesarias para los Servlets y las JSP, que es lo que tu usas, puesto que J2EE no es como tu piensas un Servidor web, es un completo Framework de trabajo empresarial, entre lo que se incluye un servidor web.
Con respecto a lo de los sitios poco seguros, creo que te ahogas en un baso de agua amigo mio... y segun puedo darme cuenta eres tu quien ha perdido la guerra al decir esas cosas, eres como un soldado que llega a la batalla ya derrotado y eso esta mal
Saludos