Has hecho bien en poner el disco duro primario como esclavo, yo te recomiendo que le pases un scandisk y que verifiques herramientas para descartar problemas con el mismo. Saca a la brevedad posible una copia de seguridad de tus datos.
Visita la página web del fabricante de tu disco duro y procede a bajarte el disk manager para testearlo.
También puedes probar con este programa, te da una lista en la parte inferior de otros programas con los que puedes verificar...
http://www.softonic.com/ie/19843/SIGuardian
Saludos