En principio en Apache puedes definir Servidores Virtuales .. esos servidores virtuales sobre todo si usas PHP como CGI puedes usar su própio php.ini para cada servidor virtual que creas.
También puedes usar .htacces para definir algunas propiedades de PHP hasta donde deje este tipo:
php_flag nombre_directiva_php valor
o
php_value nombre_directiva_php valor
Revisa la documentación oficial de PHP:
http://www.php.net/manual/en/configuration.changes.php
Aquí tienes las directivas que puedes modificar y con que cosa: sólo desde php.ini, con la función ini_set() o con un .htacces por ejemplo ...
http://www.php.net/manual/en/function.ini-set.php
Un saludo,